启东市第三人民医院创立于1976年，是一所集医疗、预防、科研、教育于一体的二级乙等综合性医院，启东市第一医疗集团成员单位，启东市各类感染性疾病和精神疾病的唯一法定收治医院，启东市医保定点单位，南通市精神卫生、传染病专科联盟成员单位。先后获得国家“优质服务基层行”推荐标准达标医院、江苏省农村区域性医疗卫生中心、江苏省社区医院、全省抗击新冠肺炎疫情先进集体、江苏省家庭医生签约服务创新试点单位、南通市文明单位、南通市先进集体、南通市十佳医院等荣誉称号，在国家发布的2023年度中国乡镇卫生院500强榜单中排名全国第19、全省第3、南通第1位。
医院位于启东市区东大门，占地30亩，总建筑面积3.4万平方米，其中医疗用房面积3.15万平方米。核定编制床位499张。编制人数390人，编内人数310名，工作人员总数740人。其中正高职称39人，副高职称99人，中级职称133人。
门诊科室：开设内、外、妇、感染、精神、皮肤、五官、口腔、肛肠、全科医学、老年医学等传统科室；感染科设置肝病、结核病、发热门诊、肠道门诊等专科；中医药综合服务区提供中医内科、皮肤科、针灸理疗科、骨伤科、小针刀专科及中药代煎等特色服务。
住院病区：设有内科、外科、感染科、精神科、急诊科、老年医学科、重症医学科、全科医学科等多个病区，有普内科、神经内科、消化内科、心血管内科、普外科、骨科、泌尿外科、肛肠科、手足外科、碎石科、血透室等多个二级分科。
医技科室：拥有原装进口德国西门子MR1.5T核磁共振机、德国原装进口西门子64排X射线计算机体层摄影CT、联影40排X射线体层摄影CT、西门子16排X射线计算机体层摄影CT、日本岛津胃肠透视机、锐柯双板DR及飞利浦DR、彩色多普勒超声诊断仪、奥林巴斯电子胃肠镜（日本）、卡尔史托斯(德国)和史赛克（美国）腹腔镜系统、全自动生化及血液分析仪（日本）、全自动罗氏化学发光仪、90W钬激光机、体外冲击波碎石机两台、无创肝纤维化定量检测仪、德国爱尔博氩气刀、二氧化碳激光治疗机、心理量表评估软件、德国费森尤斯血透机、脑电图与生理参数记录系统、脑电仿生电刺激仪、移动式平板C形臂X射线机等大型医疗仪器设备。
对外协作：承担南通大学和助理全科医生规培基层实践基地、江苏省基层医疗卫生机构管理干部培训实践基地教学工作。
特色科室：传染科为江苏省基层医疗卫生机构特色科室；精神科、检验科、神经内科是南通市特色科室；泌尿外科、神经内科是南通基层医疗卫生机构特色科室；骨科、神经内科、传染科是南通市级临床特色专科。
下属单位：辖区3家分院及32家村级医疗机构，承担汇龙镇社区居民基本医疗和公共卫生服务工作。其中启东市精神卫生中心位于永阳分院，承担全市精神疾病患者的诊疗工作，开设精神卫生、失眠、心理咨询、癫痫等医疗服务。
三院院训：严谨、博爱、奉献、厚德。